. 結論から
解決した！
windows10側ではなく、別のソフトが原因だった。
Sandboxie をアンインストール、
Origin をCドライブへインストールし直し
で問題が解決した。※ただし、注意が必要（解決方法の詳細は下記）
. 問題内容
win10の「バックアップと復元（windows7）」機能は、
Cドライブだけ（PCによっては小さなシステムドライブもいくつか）保存すればいいので、本来なら保存データは数十GBで済む。
だが何故か、関係ないはずのDドライブまで全て保存対象になって、数百GB～数TBに保存データが膨れ上がるという問題。
これじゃ予備HDDがいくらあっても足りない。
. 原因と解決法
原因と思われること
何らかのソフトが、Dドライブに〝windowsにシステムデータと誤認されるもの”を置いてしまっている。
解決方法
この原因となるソフトをアンインストールするか、
問題ないよう設定変更すれば、解決する（と思う）
自分の環境では、以下の2つの方法で解決した。
※PCによって違う可能性もある
1・Sandboxie（仮想化ソフト）をアンインストール
完全アンインストールしたので、どう設定したか覚えていないが、
仮想化実験をDドライブ設定で行った（と思う）。
その際の設定や残骸データなどがシステムデータと誤認された可能性。
または、Sandboxieと相性の悪いカスペルスキー2016に阻止されて、
仮想化エラーが出ていた事が原因かもしれない。
この辺の問題が設定で解決できれば、削除せず治る可能性もある。
ただし仮想環境をCドライブに変更したりすると、セキュリティリスクが激増するので要注意。
2・Origin（ゲーム管理ソフト）をCドライブへインストールし直す
原因は明確じゃないが、originを再インストールする際は、Cドライブじゃないとこの問題が起こる事があるらしい。
[手順]
・必要なゲームデータは事前にバックアップ。
・Dドライブのoriginをアンインストール。残骸フォルダを全て削除。
・Cドライブにoriginをインストール。
（ゲームフォルダだけでもDドライブにしておきたい時は、
originのアプリケーション設定からフォルダを任意の場所へ変更）
※デフォルトでは C:\Program Files (x86)\Origin Games だが、
Dドライブ側では D:\Origin Games など、システム誤認されにくいフォルダ名が無難かも。
※もしかしたら、この紐づけされていたフォルダ名が原因の可能性も。
（Program Files (x86)はwin10のシステムフォルダ名の一つ）
フォルダ名変更だけで治るなら、それに越したことはないしね。
上の2ソフトを入れた事もないのに同じ現象が起きる場合、
別のソフト（または、その設定）が原因と思われる。
※他に原因がある場合、Dドライブのファイルを全部消しても治らない可能性もある。
※作業は自己責任※
作業の際は、適宜バックアップを強くお勧めします。
怪しいソフトを1つずつ設定調整したり、アンインストールしたりして原因を探るしかない。
Dドライブに上記システム誤認を招くフォルダ名を作るソフトや、勝手に独自のTEMPフォルダを作るソフトなど、が怪しい気がする。
私はプログラマーではないので、これ以上の知識はありません。
同じ問題で悩む人がいれば、解決の参考にしてもらえれば幸いです。
. 最後に独り言
この問題解決に半日もかかった…
だが、ついに終わった！
ようやくwin10初期設定＆問題解決の作業が完了した！
1月4日にアップグレードしてから次々と襲い来るトラブル達…
毎晩毎晩いつ終わるのかと嫌になる日々もこれでついに…
ついに快適なwin10 64bit環境を手に入れたのだ！
もはや何も恐れるものはない！！
（…フラグじゃないですよ。本当に。）
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